Високоточне транскриптомне профілювання тканини солідних пухлин методом NGS. Дослідження сфокусоване виключно на аналізі пухлинної РНК для безпомилкової детекції структурних перебудов — хромосомних транслокацій та утворення химерних генів (fusions), які є потужними мішенями для новітньої таргетної терапії. В онкології певні види пухлин керуються не класичними точковими мутаціями в ДНК, а масштабними структурними змінами, коли частини різних генів зливаються докупи. Найкращим, а часто і єдиним надійним способом виявити такі злиття є секвенування на рівні РНК. Панель OncoTarget RNA призначена в першу чергу для пацієнтів із недрібноклітинним раком легені (НДРЛ), де транслокації ALK, ROS1 чи RET зустрічаються регулярно. Також тест успішно застосовується при інших солідних пухлинах (щитоподібної залози, слинних залоз, саркомах), де стоїть питання підбору ефективного таргету. Хоча максимальну картину дає суміщена панель (OncoTarget Complete: ДНК+РНК), у специфічних клінічних випадках ізольований пошук РНК-транслокацій є найбільш раціональним рішенням.
Клініко-генетичні кореляції (Терапевтичні мішені)
РНК-панель OncoRisk тестує 13 ключових генів, структурні перебудови яких мають пряме клінічне значення і пов’язані з призначенням затверджених таргетних препаратів (інгібіторів тирозинкіназ).| Генна транслокація / Злиття (Fusions) | Основні асоційовані нозології | Клінічне значення та вибір терапії |
|---|---|---|
| ALK (наприклад, EML4-ALK) | НДРЛ (частіше у молодих пацієнтів та некурців) | Головна мішень у торакальній онкології. Пряме показання до призначення високоефективних ALK-інгібіторів (алектиніб, бригатиніб, лорлатиніб), що забезпечують тривалу ремісію. |
| ROS1 | НДРЛ, холангіокарцинома, гліобластома | Драйверна транслокація, що є мішенню для препаратів кризотиніб або ентректиніб. |
| RET | НДРЛ, медулярний та папілярний рак щитоподібної залози | Виявлення RET-fusions дозволяє застосувати високоселективні RET-інгібітори (селперкатиніб, пралсетиніб). |
| NTRK1, NTRK3 | Універсальні мішені (Tumor-agnostic) для будь-яких солідних пухлин | Рідкісні (близько 1%), але вкрай важливі мішені. Незалежно від локалізації раку, наявність злиття NTRK є абсолютним показанням для призначення TRK-інгібіторів (ларотректиніб, ентректиніб). |
| MET (вкл. exon 14 skipping) | НДРЛ | Порушення сплайсингу РНК (пропуск 14-го екзона) робить пухлину чутливою до специфічних інгібіторів MET (капматиніб, тепотиніб). |
| FGFR1, NRG1, PDGFRA | НДРЛ, рак підшлункової залози, саркоми, ГІСП | Формування химерних білків через злиття цих генів відкриває доступ до інгібіторів FGFR (ердафітиніб) та інших експериментальних або off-label терапій. |
| CIT, EML4, MBIP, TACC3 | Різні солідні пухлини | Часто виступають як гени-партнери (fusion partners) у створенні онкогенних транслокацій з основними кіназами (наприклад, FGFR3-TACC3 при гліобластомах або раку сечового міхура). |
Якість та достовірність результатів
Секвенування РНК (RNA-Seq) має суттєві переваги над аналізом ДНК або традиційним методом FISH, коли йдеться про пошук транслокацій, оскільки РНК-аналіз підтверджує, що химерний ген дійсно експресується пухлиною.Валідовані методи діагностики
- NGS-секвенування РНК (Illumina): Високочутливий метод, що дозволяє виявляти відомі та нові варіанти злиття генів без необхідності заздалегідь знати обидва гени-партнери (як це потрібно при ПЛР).
- Подолання обмежень FISH: RNA-Seq усуває проблему хибнонегативних результатів FISH, що часто виникають через складну архітектуру хромосомних перебудов.
- Морфологічний контроль: Обов'язкова оцінка H&E зрізу пухлини лікарем-патоморфологом перед початком дослідження для підтвердження наявності пухлинних клітин.
Інтерпретація та медичний звіт
Медичний звіт OncoTarget RNA надає чітку та структуровану інформацію для швидкого призначення лікування.Медичний висновок включає:
- Перелік виявлених клінічно значущих транслокацій та злиттів генів із їх детальним описом.
- Терапевтичні мішені: Зазначення таргетних препаратів (затверджених FDA/EMA/NCCN), що є високоефективними за наявності виявлених у пухлині структурних варіантів.
- Клінічну інтерпретацію онкогенетика: Роз'яснення біологічної ролі виявленого злиття в патогенезі конкретної пухлини пацієнта.
Біологічні зразки та логістика
РНК є молекулою, що швидко деградує, тому якість преаналітичного етапу є критичною для успішного виконання тесту.Прийнятні зразки
- Парафінові блоки (FFPE): Операційний матеріал або біоптати солідних пухлин, фіксовані у формаліні та залиті в парафін.
- Вимоги до якості матеріалу: Оскільки фіксація у формаліні фрагментує РНК, для успішного аналізу гістологічні блоки мають бути "свіжими" — оптимально отримані не більше 3–5 років тому. Також важливо, щоб зразок містив достатню кількість життєздатних пухлинних клітин.
- Гістологічні скельця: Незабарвлені зрізи тканини (10-15 штук). Обов'язково додається копія патогістологічного висновку.
Логістика
- Забір: Щоденний кур'єрський сервіс із патоморфологічних лабораторій та медичних закладів (транспортування при кімнатній температурі).
- Термін виконання: 14 робочих днів.
Організаційні стандарти
Лабораторія OncoRisk забезпечує відповідність найвищим міжнародним протоколам онкодіагностики.Акредитація та надійність
- ISO 15189:2012 — міжнародний стандарт компетенції медичних лабораторій.
- Ліцензія МОЗ України: Дозвіл на проведення молекулярно-генетичної діагностики.
- Конфіденційність: Надійний захист медичних даних (SSL-шифрування, GDPR).
Професійна підтримка лікарів
Панель OncoTarget RNA є незамінним інструментом в арсеналі сучасного хіміотерапевта для розширеного пошуку мішеней.Клінічна взаємодія
- Клінічні онкологи / Хіміотерапевти: У випадках, коли стандартний ДНК-аналіз (наприклад, на EGFR чи KRAS) виявився негативним, тестування на РНК-транслокації (ALK, ROS1, RET) є обов'язковим наступним кроком. Виявлення цих мішеней дозволяє призначити таргетні препарати, що забезпечують швидку та глибоку клінічну відповідь.
- Патоморфологи: Тісна співпраця для відбору найкращого блоку з найвищою концентрацією пухлинної РНК.
Клінічні показання для спеціалістів (згідно з МКХ-10)
Дослідження транскриптома показане при пухлинах, для яких генні злиття є типовими драйверами.Прямі клінічні показання:
- C34 Злоякісне новоутворення бронхів та легені (НДРЛ):
- Обов'язковий скринінг на ALK/ROS1/RET при поширених стадіях аденокарциноми, особливо у пацієнтів без мутацій в EGFR та у некурців/молодих пацієнтів.
- C73 Злоякісне новоутворення щитоподібної залози (пошук RET-fusions при папілярному раку).
- C80 Злоякісне новоутворення без уточнення локалізації або рідкісні пухлини (наприклад, секреторна карцинома слинних або молочних залоз, інфантильна фібросаркома) для пошуку універсальних мішеней NTRK.
- Пацієнти, які вичерпали можливості стандартної терапії та потребують пошуку мішеней для залучення до програм клінічних випробувань.
